[2021.07.20.자 택스넷] 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조의 해석

[2021.07.20.자 택스넷] 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 해석 대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결을 중심으로 1. 들어가며 구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제7조 제1항은 대통령령으로 정하는 소기업에 대해 과세혜택을 부여하고 있었고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제1호는 소기업을 상시근로자의 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만인 기업으로 정하고 있었다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령이 2016.2.5. 대통령령 제26969호로 개정되면서 소기업의 판단기준은, 상시 근로자의 수 기준이 폐지되고, 업종별로 차등화된 매출액 기준으로 일원화되었다. 이와 같이 소기업의 범위가 종전규정 및 개정규정에서 달라짐에 따라, 개정된 시행령은 납세의무자들의 신뢰보호를 위하여 부칙 제22조에서 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 규정하였다(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다). 소개할 대법원 판결은 이 사건 부칙조항에 따라 조세감면특례가 적용되는 소기업에 해당하는지 여부와 관련하여 이 사건 부칙조항의 적용 범위에 대한 해석이 문제된 사안이다. 이하에서 이 사건의 사실관계 및 대법원의 판결을 소개하고, 그 의의에 대해 살펴보도록 한다. 2. 이 사건의 사실관계 가. 원고들은 1989.1.4.경부터 서울 금천구(주소 생략)에서 ‘○○○○’을 공동으로 운영하였는데, ○○○○은 ‘그 밖의 제품 제조업’에 해당하는 실물설명용 모형 제조를 주된 업종으로 하였다. 나. ○○○○의 매출액 및 계속 고용 근로자의 수는 2015 과세연도에는 각각 7,379,508,500원 및 71명이었다가, 2016 과세연도에는 각각 12,645,612,350원 및 63명이었다. 다. 원고들은 2017년 5월경부터 6월경까지 각각 ○○○○이 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘소기업’이 아님을 전제로 2016 과세연도 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다. 라. 원고 1은 2017.11.8. 피고 성북세무서장에게 종합소득세 129,869,312원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를, 원고 2는 2017. 11.15. 피고 구로세무서장에게 종합소득세 129,663,291원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 원고들은 위 경정청구에서 “○○○○은 2015 과세연도 매출액과 계속 고용 근로자 수가 각각 100억 원과 100명 미만이어서 종전 규정의 소기업 요건을 갖추었으므로, 이 사건 부칙조항에 의하여 2019 과세연도까지 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받아야 한다"고 주장하였다. 마. 피고 성북세무서장은 2017.12.22. 피고 구로세무서장은 2017.12.21. ○○○○이 2016 과세연도에 소기업에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 각 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부 처분’이라고 한다). 3. 이 사건의 쟁점 및 관련 법령 가. 이 사건의 쟁점 구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 시행 당시 같은 법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과규정)의 적용 범위가 문제된다.

(2) 개정이유 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선하기 위함이다. (3) 적용시기 및 적용례 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. (4) 경과조치 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다. 4. 대법원 판결(대법원 2019두56333, 2020. 7. 29.판결) 가. 구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되어 2016.1.1. 시행되고 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 중소기업 중 감면 업종인 제조업[제1호 (마)목]을 경영하는 기업에 대해서는 2017.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등에 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이 수도권에서 제조업을 경영하는 사업장의 경우 100분의 20의 감면 비율[제2호 (나)목]을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다고 정하고 있다(이하 ‘중소기업특별세액감면’이라고 한다). 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제1호(이하 ‘종전규정’이라고 한다)에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ‘제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’이란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자(이하 ‘계속 고용 근로자’라고 한다)의 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만인 중소기업을 말한다. 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령은 제6조 제5항(이하 ‘개정규정’이라고 한다)에서 종전규정 중 계속 고용 근로자의 수에 관한 요건을 삭제하면서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’을 ‘중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업’으로 정하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령(2017.10.17. 대통령령 제28378호로 개정되기 전의 것) [별표 3] 제27호는 ‘그 밖의 제품 제조업’을 주된 업종으로 하는 중소기업 중에서 매출액이 80억원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다. 따라서 개정규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 받는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ‘그 밖의 제품 제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’은 계속 고용 근로자의 수와 관계없이 매출액이 80억 원 이하인 중소기업을 말한다. 이와 같이 중소기업특별세액감면을 받는 ‘소기업’의 범위가 종전규정 및 개정규정에서 달라짐에 따라 위 개정 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조는 ‘소기업의 범위에 관한 경과조치’라는 제목으로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다"라고 규정하고 있다. 나. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다[(대법원 2007두4438,2008. 2. 15. 판결 참조)]. 또한 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과조치를 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 한다(대법원 97누11843, 1999. 7. 9. 판결 참조). 다. 앞서 본 관련 규정의 문언과 취지를 위와 같은 법리에 따라 살펴보면, 이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다. 따라서 2016 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 기업은 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니므로, 2016 과세연도에 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등과 관련하여 이 사건 부칙조항에 의하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다. 라. 이 사건 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 제조업을 주된 업종으로 하는 ○○○○은 2016 과세연도 매출액이 12,645,612,350원이어서 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 소기업에 해당하지 않아 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니다. 따라서 원고들은 ○○○○을 운영함에 따른 2016 과세연도 귀속 종합소득세에 대하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없고 이를 전제로 한 이 사건 거부처분은 적법하다. 5. 대법원 판결에 대한 평석 가. 이 사건 부칙조항의 해석 이 사건 부칙조항은 소기업의 범위에 관한 경과조치에 대하여 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정 법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 규정하고 있다. 이때 이 사건 부칙조항에 따라 감면대상이 되는 소기업의 범위를 ① 개정법률 시행 당시인 2016.1.1.의 직전 과세연도인 2015년도에 종전기준에 따라 소기업에 해당되었으나 2016.1.1. 이후 개정기준에 따라 소기업에 해당되지 않는 기업으로 볼 것인지, ② 직전 과세연도인 2015년도와 무관하게 2016.1.1. 이후 각 과세연도별로 종전기준에 따라 소기업에 해당되는 기업으로 볼 것인지가 문제된다. 만약 ①과 같이 해석한다면, 2015년도에 종전 기준에 따라 소기업에 해당되었던 기업은 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 계속 소기업으로 보아 조세감면특례가 적용될 것이다. 반면 ②와 같이 해석한다면, 2015년도에 종전 기준에 따라 소기업에 해당되었는지 여부와 무관하게 2016.1.1. 이후 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 종전 기준에 따라 소기업에 해당되는지 여부를 개별적으로 판단하여 조세감면 특례 적용 여부가 결정될 것이다. 나. 관련 유권해석 (1) 국세청 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 ‘일부개정법률’) 시행일이 속하는 직전 과세연도에 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전규정’) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하는 법인이 일부개정법률 시행일이 속하는 과세연도 이후에 같은 법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것, 이하 ‘개정규정’) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 않고, 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 경우 개정 규정 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 적용대상에 해당하지 않는 것이다. (2) 기획재정부 2015 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이 개정규정 시행 이후 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 않으나, 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 경우 개정부칙에 따른 소기업에 해당하는 것이다. (3) 검 토 국세청 및 기획재정부는 이 사건 부칙조항에 따라 조세감면특례가 적용되는 소기업에 해당하기 위해서는 개정법률 시행 직전 과세연도인 2015년도에 종전 기준에 따라 소기업에 해당되어야 하고, 동시에 2016.1.1. 이후 각 과세연도별로 종전 기준에 따라 소기업에 해당되어야 한다고 해석하는 것으로 보인다. 이러한 해석 하에서는 만약 2015 과세연도에 종전기준에 따라 소기업에 해당되지 않는다면, 2016.1.1. 이후 각 과세연도별로 종전 기준에 따라 소기업에 해당되더라도 감면대상이 될 수 없다고 볼 여지가 있다. 다. 대법원 판결의 의의 (1) 대상판결은 “이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다.”고 판시하고 있는바, 크게 두 가지 측면에서 의미를 가진다. (2) 첫째, 대상판결은 이 사건 부칙조항에 따라 조세감면특례가 적용되는 소기업에 해당하는지 여부는 개정법률 시행 당시 2016. 1. 1.의 직전 과세연도인 2015년도를 기준으로 할 것이 아니라, 2016.1.1. 이후 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 종전기준에 따라 소기업에 해당하는지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다는 점을 확인하고 있다. 이 부분에서는 대상판결과 국세청 및 기획재정부의 종전 유권해석은 같은 취지를 가진다고 볼 수 있다. 이에 대해 이 사건 부칙조항은 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업’이라고 과거형으로 규정되어 있으므로, 그러한 해석은 조세법률주의에 반하는 확장해석이라는 비판이 제기될 수 있을 것이다. 그러나 대상판결은 “조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2007두4438, 2008. 2. 15. 판결 참조)”고 판시하여, 이 사건 부칙조항을 위와 같이 해석하는 것은 조세법률주의에 반하지 않는다고 보고 있다. 이는 이 사건 부칙조항이 시혜적인 조치라는 점, 특례적용기간이 2016.1.1.부터 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 4년이나 된다는 점, 원고의 주장에 따를 경우 2016.1.1. 이전에 소기업이었던 기업은 2016.1.1. 이후 종전 기준에 따라 중기업에 해당하게 되더라도 무조건 4년의 조세감면특례가 적용되어 과도한 조세혜택을 누리게 되는 반면, 2016.1.1. 이전에 중기업이었다가 2016.1.1. 이후 종전 기준에 따라 소기업에 해당하게 되는 기업은 조세혜택이 과도하게 제한된다는 점 등을 고려한 것으로 보인다. (3) 둘째, 국세청 및 기획재정부의 기존 유권해석에 따르면, 이 사건 부칙조항에 따라 조세감면특례가 적용되기 위해서는 일단 개정법률 시행 직전 과세연도인 2015년도에 종전 기준에 따라 소기업에 해당되었어야 함을 전제하고 있으나, 대상판결은 2015년도에 종전 기준에 따라 소기업에 해당되었어야 함을 별도로 판시하고 있지 않다. 즉 대상판결은 직전 과세연도인 2015년도에 종전규정에 따라 소기업에 해당하였는지 여부와는 무관하게, 2016.1.1. 이후 각 과세연도별로 종전 기준에 따라 소기업에 해당된다면 이 사건 부칙조항에 의하여 감면대상이 되는 소기업이라고 해석하고 있다고 할 것이다. 이 사건 부칙조항의 취지는 구 조세특례제한법 및 같은 법 시행령의 개정으로 인하여 조세감면혜택을 받을 수 있는 소기업의 기준이 납세의무자에게 불리하게 변경되었으므로, 유예기간 동안 소기업에 해 당하는지 여부는 종전 기준을 적용하여 판단하겠다는 것으로 보아야 할 것이고, 종전 기준에 따르면 특정 과세연도에 조세감면혜택을 받을 수 있는 소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 그 특정 과세연도 이전의 어느 과세연도에 해당 기업이 소기업에 해당하였어야 함을 요건으로 하고 있지 않다는 점을 고려하면, 이 사건 부칙조항에 의하여 조세감면혜택을 받는 소기업에 해당하기 위해서 개정법률 시행 당시인 2016.1.1.의 직전 과세연도인 2015년도에 소기업에 해당할 것을 요건으로 하는 것은 타당하지 않다고 할 것이다. 또한 이와 같이 해석하는 것이 대상판결이 “세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과조치를 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 한다(대법원 97누11843, 1999. 7. 9. 판결 참조).”고 판시하고 있는 것과 부합된다고 할 것이다. 결국 이에 따른다면, 대상판결은 국세청 및 기획재정부의 기존 유권해석보다 이 사건 부칙조항에 의한 조세특례적용대상을 보다 넓게 인정하는 것이므로 납세의무자에게 유리하다고 볼 수 있다.