수정신고 때 가산세도 확인해야 합니다

세무서에서 신고 내용이 틀렸다는 연락을 받으면 대개 수정신고를 하게 됩니다. 당초 신고·납부에 부족한 부분이 있으면 과소신고가산세나 납부지연가산세가 발생할 수 있습니다. 먼저 본세를 추가로 낼 의무가 있는지 확인해야 합니다. 본세 납부의무가 인정되더라도 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지는 별도로 판단합니다.

국세기본법 제48조 제1항 제2호는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 아니한다고 정합니다. 문제는 어떤 사정이 정당한 사유에 해당하는지입니다. 최근 대법원 판결 두 건이 이 기준을 구체적으로 적용했습니다.

법원이 세운 기준

대법원은 가산세를 신고·납세 의무를 위반한 데 대한 행정상의 제재로 봅니다. 그래서 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 사정이 있으면 제재를 할 수 없다고 합니다.

그 사정은 크게 두 가지입니다. 첫째, 단순히 법을 몰랐거나 오해한 정도를 넘어 세법 해석에 견해 대립이 있는 등으로 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었던 경우입니다. 둘째, 의무를 이행하도록 기대하는 것이 무리였던 경우입니다. 반대로 「몰랐다」는 사정만으로는 정당한 사유가 되지 않습니다.

사례 1 — 면세인지 과세인지 판단이 어려웠던 계약

한 개인사업자는 건축주에게 건물에 설치할 미술작품을 고르고 관청 심의를 거쳐 제작·설치하는 계약을 맺었습니다. 사업자는 이 거래 전체를 부가가치세가 면제되는 예술창작품 공급으로 보고 세금계산서를 발급하지 않았습니다. 과세관청은 심의 통과까지 묶은 하나의 과세 용역이라고 보아 부가가치세와 가산세를 부과했습니다.

대법원은 본세 부과는 정당하다고 보았습니다. 그러나 가산세 부분은 원심을 파기했습니다(대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결). 계약서에 심의 통과와 작품 제작이 섞여 있었고, 거래가액 가운데 작품 자체의 비중이 약 73% 또는 86%에 이르렀습니다. 그렇다면 사업자가 거래 전체를 면세로 오인한 것이 무리가 아니었을 가능성이 있으니 더 심리하라는 취지입니다.

사례 2 — 거래상대방이 세금을 내지 않은 경우

한 회사는 해외 공사의 일부를 국내 업체에 하도급하면서 부가가치세를 붙여 대금을 지급했습니다. 국외에서 공급하는 용역이라 원래는 영세율 대상이었습니다. 다만 공급자가 받은 부가가치세를 제대로 납부하면, 실무상 공급받는 자의 매입세액 공제도 받아들여지고 있었습니다. 그런데 하도급 업체가 일부 기간의 부가가치세를 체납한 뒤 영세율로 수정세금계산서를 발급해 환급을 받았습니다. 그러자 회사는 공제받은 매입세액과 가산세를 수정신고로 납부해야 했습니다.

대법원은 본세는 정당하다고 보면서도 가산세 부분을 다시 심리하라며 파기했습니다(대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결). 상대방이 세금을 제대로 냈다면 매입세액 공제가 사실상 용인되었을 것입니다. 회사가 상대방의 체납을 미리 알 수 있었는지, 부가가치세 상당액을 지급하고도 스스로 공제를 포기하리라고 기대할 수 있었는지를 따져야 한다는 것입니다.

세무서 상담 답변만으로는 부족한 경우

「세무서에 물어보고 그대로 신고했다」는 사정은 어떨까요. 한 숙박업자는 세금계산서를 받지 못한 임차료의 부가가치세도 공제된다는 상담 답변을 들었다며 이를 공제해 신고했습니다. 법원은 세금계산서를 받지 않은 매입세액은 공제할 수 없다고 보았습니다. 또 담당 공무원이 공적인 견해를 표명했다는 증거가 없다며 신의성실의 원칙 위반 주장도 받아들이지 않았습니다(대법원 2021. 1. 14. 선고 2020두50096 판결, 상고기각).

국세기본법 제15조는 세무공무원도 신의에 따라 성실하게 직무를 수행하도록 정합니다. 이 원칙으로 처분을 다투려면 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다는 점부터 인정되어야 합니다. 이 사건에서는 그런 견해표명이 있었다는 증거가 부족했습니다. 이는 가산세를 면할 정당한 사유와는 구별되는 판단입니다.

실무상 시사점

  • 수정신고 요청을 받으면 본세와 가산세를 나누어 보십시오. 본세가 맞더라도 가산세는 따로 다툴 수 있습니다.
  • 면세·과세 구분이나 세율 적용이 애매했던 사정, 계약서의 문언과 거래 구조를 자료로 남겨 두십시오. 법원은 당시 당사자가 실제로 어떻게 인식했는지를 봅니다.
  • 거래상대방의 신고·납부 상황처럼 납세자가 알기 어려웠던 사정도 정당한 사유의 판단 요소가 됩니다.
  • 세무서 상담 내용은 기록으로 남겨 두는 것이 좋습니다. 다만 서면 답변이 있다고 언제나 신의성실 원칙이 적용되는 것은 아닙니다.

유의할 점

두 대법원 판결은 가산세를 면한다고 확정한 것이 아니라 정당한 사유를 더 심리하라고 돌려보낸 것입니다. 정당한 사유는 사안마다 사실관계에 따라 판단이 달라집니다. 수정신고로 이미 가산세를 냈더라도 경정청구 기간 안이라면 다툴 길이 있으므로, 기한을 먼저 확인하시기 바랍니다.